בעקבות הצטרפותם של ארגון עדאלה והאגודה לזכויות האזרח לעתירת חברי הפרלמנט הפלסטיני שעתרו לבג"ץ נגד שלילת תושבות הקבע שלהם בירושלים המזרחית, והגשת חוות דעת בנושא, הגישה פרקליטות המדינה, בסוף חודש מאי שעבר (29.5.2007), תגובה חסרת תקדים לבג"ץ בה תקפה את שני הארגונים. נציגי הפרקליטות, עו"ד גלעד שירמן ויוכי גנסין, כתבו בתגובה לבג"ץ כי "האגודה ועדאלה חיות בשלום עם האפשרות שראש ממשלה, שר או חבר פרלמנט מטעם ארגון הטרור חמאס ייתן הוראות לשגר קסאמים על שדרות, יורה שלא לשחרר את גלעד שליט, יורה להרוג אזרחים ישראלים רבים ככל האפשר בהתאם לרוח אמנת חמאס, ובמקביל יהיה גם בעל רישיון לישיבת קבע בישראל הנהנה מקצבאות ביטוח לאומי וחופש תנועה מלא בישראל".

עוד טענה הפרקליטות כי "גישתן של האגודה לזכויות האזרח ושל עדאלה היא גישה אבסורדית, משוללת יסוד משפטי או מוסרי, המנוגדת לעקרונות היסוד של השיטה, לרעיונות של חירות וזכויות אדם, והיא עלולה לסכן את שלום הציבור ואת ביטחונו, וכן את אמון הציבור במערכת השלטון ואכיפת החוק".

ארגון עדאלה הגיב על דבריהם של פרקליטי המדינה בציינו כי "תגובת פרקליטות המדינה הלא עניינית מעידה לא רק על חוסר הבנה בסיסי למהותן של זכויות אדם, אלא על ניצול של נסיבות פוליטיות קשות, כדי להסית את הדיון מעניין של זכויות לעניין הכפשת מגני זכויות אדם. בדרך זו מנסה הפרקליטות להטיל אימה על בית המשפט, שמא יעז להתמודד עם הסוגיות שבפניו בצורה עניינית, משפטית ולפי החוק הישראלי והמשפט הבינלאומי.

ארגון עדאלה חוזר ומדגיש, כי שלילת תושבותם של חברי הפרלמנט הפלסטיני תושבי ירושלים המזרחית משמעה טרנספר כפוי של אנשים ממקום מולדתם, בניגוד מוחלט להוראות החוק הישראלי והמשפט הבינלאומי. הפלסטינים תושבי ירושלים המזרחית, שהינה שטח כבוש, הינם ילידים, אינם מהגרים ותושבותם הינה בזכות ולא בחסד".

בחוות הדעת שהוגשה לבג"ץ במאי 2007 כתבו האגודה ועדאלה, כי החלטת שר הפנים פוגעת בזכותם החוקתית של חברי הפרלמנט להישאר ולהמשיך לחיות במקום מושבם ובמולדתם ללא סכנת גירוש. גירושו של אדם ממקום מושבו הקבוע, פוגע בזכויותיו החוקתיות: כבודו, חירותו האישית וקניינו. כן פוגעת החלטת השר בזכותם של חברי הפרלמנט, כמו גם בזכויות בני משפחתם, לחיי משפחה: להמשיך ולחיות יחד בירושלים המזרחית ללא סכנת פירוד. התושבות של הפלסטינים בירושלים המזרחית, הדגישו עורכי הדין, הינה בעיקרה תושבות מכוח לידה, אשר שונה היא במהותה מהסוגים האחרים של רישיונות הישיבה, המוענקים למהגרים תושבי ירושלים המזרחית, מובהר בחוות הדעת, לא נכנסו מעולם לישראל ולא רכשו בה מעמד כמהגרים. משום כך, מעמדם לא הותנה מעולם בתנאים כלשהם, ואין הצדקה לביטולו. בחוות הדעת מציינים הארגונים, כי מדובר במעמד מורכב במיוחד, שכן ירושלים המזרחית היא שטח כבוש על פי המשפט הבינלאומי, ותושבי ירושלים המזרחית הם תושבים מוגנים.

יצויין, כי שמונה ארגוני זכויות אדם ישראלים (אמנסטי (סניף ישראל), בצלם, גישה, הוועד הציבורי נגד עינויים, המוקד להגנת הפרט, יש דין, רופאים לזכויות אדם ושומרי משפט-רבנים למען זכויות אדם) פנו במכתב מחאה ליועץ המשפטי לממשלה ולשר המשפטים בו ביקשו מבקשים להביע בזאת את מחאתם החריפה כנגד ההתבטאויות חסרות התקדים מצד פרקליטים ממחלקת הבג"צים, עובדים בשירות המדינה, כנגד האגודה לזכויות האזרח בישראל ועדאלה, כפי שבאו לידי ביטוי בתגובת הפרקליטות.

הארגונים ביקשו במכתבם לפעול במקרה זה בשלושה מישורים סימולטאנית: כנגד הפרקליטים המעורבים, נקיטה בהליך משמעתי ובכלל זה השעיה והתנצלות פומבית; קיומה הדחוף של ישיבה רב ארגונית מול גורמי הפרקליטות ומשרד המשפטים לשם תיאום והתוויות עקרונות לעבודה משותפת; והחלתו של מהלך שעיקרו חינוך והנחלת ערכי זכויות אדם והבנת מיקומם ותפקידם של ארגוני זכויות אדם בשדה הדמוקרטי.

עוד המליצו הארגונים להעמיד פרקליט בכיר בתפקיד של גורם מקשר בין ארגוני זכויות אדם ושמירה על שלטון החוק לבין גורמים אחרים במשרד המשפטים ובפרקליטות המדינה.

בתשובתו של היועץ המשפטי לממשלה מיום 19.6.2007 לארגוני זכויות האדם, נטען, כי הארגונים העלו טענות חריפות נגד האמור בסעיף 11 לתגובת המדינה, אשר סומכות עצמן, בחלק, על דברים שלא נכתבו ולא נאמרו בתגובת המדינה, ושאינן משקפות את עמדת הכותבים.

היועמ"ש הבהיר כי משרד המשפטים ופרקליטות המדינה מוקירים ומכירים בחשיבותם של ארגוני זכויות האדם לקידום זכויות האדם ושלטון החוק בישראל, וזאת ללא כל קשר למחלוקות העשויות להתעורר מטבע הדברים בסוגייה כזו או אחרת. אשר לדברים לגופם, כתב היועמ"ש "הכותבים, פרקליטים טובים ומסורים, הבהירו, כי הפסקה מתוך תגובת המדינה עליה נסבה פנייתכם – שמקובל עליי שניסוחיה אינו מוצלח – לא נועדה בשום אופן להכפיש את האגודה לזכויות האזרח ועדאלה, או לייחס להם את אשר אתם מבקשים להסיק מן הדברים. הבהרה זו מקובלת עליי".

עוד כתב היועמ"ש כי, עמדתם המשפטית של האגודה ועדאלה כפי שהוצגה בחוות הדעת "איננה מקובלת על המדינה, ולדעתנו אין לה יסוד משפטי בחוק ובפסיקה".

תגובת הפרקליטות
חוות הדעת שהוגשה לבג"ץ מטעם האגודה לזכויות האזרח ועדאלה בחודש מאי 2006
מכתב המחאה של ארגוני זכויות האדם בישראל
תשובת היועץ המשפטי לפניית ארגוני זכויות האדם