בג"ץ החליט לאפשר לתושבי ירושלים המזרחית, שתושבותם נשללה בגלל חברותם בפרלמנט הפלסטיני, לפנות לשר הפנים בבקשה לחידוש התושבות. ההחלטה התקבלה ב-17 בספטמבר 2008, בעקבות דיון שהתקיים בבג"ץ ב-10 בספטמבר. לפי ההחלטה, חברי הפרלמנט הפלסטיני יוכלו להגיש את הבקשה "בלא שיהא בכך משום ויתור על טענותיהם העקרוניות". בהחלטה נכתב כי "מאז הגשת העתירה, חלו שינויים ברשות הפלסטינית", כי העותרים "אינם חפצים עוד לשמש בתפקידם" וכי על הצדדים להגיש הודעות מעודכנות בתוך 60 ימים, שאחריהם יוחלט בדבר המשך הטיפול בעתירה. באשר לסוגיה העקרונית, בית המשפט ציין כי "אכן, מדובר בסוגיה נכבדה והיא עשויה לשוב ולהתעורר; ככל שיהא בכך צורך יוכרע הדבר במועד המתאים".
במאי 2006 ביטל שר הפנים את תושבות הקבע של ארבעה פוליטיקאים פלסטינים, תושבי ירושלים המזרחית. חברי הפרלמנט עתרו לבג"ץ; האגודה לזכויות האזרח ועדאלה הצטרפו לדיון, במעמד "ידידי בית המשפט".
בחוות דעת שהגישו לבית המשפט הזכירו עורכי הדין דן יקיר ועודד פלר (האגודה לזכויות האזרח) וחסן ג'בארין (עדאלה) כי החוק אינו מתיר לשר הפנים לשלול תושבות קבע של תושבי ירושלים המזרחית בשל "הפרת אמונים" או בשל חברות בפרלמנט הפלסטיני.
בהתייחס למצב המיוחד בירושלים המזרחית, עורכי הדין הזכירו כי עם כיבוש העיר בשנת 1967, נכפה על תושביה מעמד התושבות. תושבי ירושלים המזרחית, נכתב בחוות הדעת, לא נכנסו מעולם לישראל ולא רכשו בה מעמד כמהגרים. משום כך, מעמדם לא הותנה מעולם בתנאים כלשהם, ואין הצדקה לביטולו. מדינת ישראל עצמה אינה רואה בתושבי ירושלים המזרחית חלק ממנה, ולראיה היא הביעה תמיכה מפורשת בהשתתפותם בבחירות לפרלמנט הפלסטיני. רק לאחר שהתבררו תוצאות הבחירות, החליטה מדינת ישראל לשלול את מעמדם של העותרים.
בעקבות ההחלטה אמר עו"ד ג'בארין שניכר שבית המשפט מבקש להימנע מלהכריע בטענות העקרוניות נגד החלטת שר הפנים לשלול את התושבות, למרות חומרתה ולמרות הסכנה שתקדים זה יכול להוות למעמדם של תושבי ירושלים המזרחית.
מסמכים משפטיים: