לאחר פרסום דו"ח ועדת החקירה הממלכתית (להלן: ועדת אור) ביום 1.9.2003, החליטה ממשלת ישראל בהחלטה מספר 772 מיום 14.9.2003, להקים ועדת שרים "שתילמד את דו"ח ועדת אור באופן יסודי ותגיש לממשלה, בתוך 60 יום, את חוות דעתה בנוגע ליתר ההמלצות שפורטו בדו"ח הוועדה, ועל פי שיקול דעתה תמליץ, במידת הצורך, המלצות נוספות".

בראשות ועדת השרים עמד סגן ראש הממשלה ושר המשפטים יוסף (טומי) לפיד וחברים בה היו השרים: אברהם פורז, ציפי לבני, צחי הנגבי, אפרים איתם, בני אלון וגדעון עזרא. כמו כן, על פי החלטת הממשלה, זומנו היועץ המשפטי לממשלה ונציג המועצה לביטחון לאומי בקביעות לדיוני ועדת השרים.

ועדת השרים לא פרסמה את הדו"ח שלה כעבור חודשיים, כמו שנקבע בהחלטת הממשלה, אלא רק ביום 3.6.2004. לאחר פרסום דו"ח ועדת השרים, פרסם ארגון עדאלה עמדה לגבי הדו"ח.

ארגון עדאלה עוקב אחרי יישום המלצות ועדת אור, ובמיוחד, בכל הקשור לפתיחה בחקירה נגד האחראים על הרג האזרחים הערבים באוקטובר 2000 מקרב כוחות הביטחון והעמדתם לדין. החל מאוקטובר 2000, פנה ארגון עדאלה פעמים רבות למח"ש בדרישה לפתוח בחקירה נגד האחראים להרג האזרחים הערבים, אך מח"ש לא פתחה בחקירה רצינית בכל אחד ממקרי ההרג. בדו"ח ועדת השרים צוין, כי לפי דו"ח שהוגש לוועדה זו על ידי מח"ש, היא לא פתחה בחקירה אחרי אוקטובר 2000 בשל הקמת ועדת החקירה הממלכתית; אולם אחרי פרסום דו"ח ועדת אור, טענה מח"ש, בדו"ח שהגישה לוועדת השרים, כי עבר זמן רב מאז אירועי אוקטובר, דבר המקשה עליה לנהל את החקירות. יצוין, כי גם לאחר פרסום דו"ח ועדת אור פנה ארגון עדאלה בפניות חוזרות ונשנות למח"ש בדרישה לפתוח בחקירות נגד האחראים והעמדתם לדין. בתגובת מח"ש לפניות אלה נכתב, כי העניין נמצא עדיין בבדיקה.

במרץ 2004, פנה ארגון עדאלה במכתב מפורט ליועץ המשפטי לממשלה, בו נדרש היועץ להורות לאלתר, על פתיחת חקירות נגד האחראים להרג האזרחים הערבים באוקטובר 2000. במכתב הצביע ארגון עדאלה על מחדלה הרציני של מח"ש באי קיום חקירות, הן סמוך לאירועי אוקטובר והן לאחר פרסום דו"ח ועדת אור שהמליצה על פתיחה בחקירה אודות נסיבות הריגתם של אזרחים ערבים באוקטובר 2000.

בפנייה האחרונה למח"ש מתאריך 6.6.2004, שבאה בעקבות פניית ראש מח"ש למר חסן עאסלה בבקשה להוציא את גופת בנו מהקבר לצורך נתיחת גופתו, הדגיש ארגון עדאלה את העובדה הבסיסית כי עד עצם היום הזה ולמרות חלוף כשלוש וחצי שנים מאז אוקטובר 2000 ותשעה חודשים מפרסום דו"ח ועדת אור, ועל אף פניותיו הרבות של ארגון עדאלה בנושא מאז אוקטובר 2000, טרם נפתחו חקירות רציניות נגד האחראים. בפנייה צויין, כי בקשת מח"ש מהמשפחות השכולות לוקה בחוסר הגינות, משום שהנושא הזה הועלה בעבר בזמן הדיונים בועדת אור, וכי במכתב ששלח ארגון עדאלה לועדת החקירה הממלכתית הובהרה עמדת הורי הרוגי אוקטובר בעניין זה. עוד נטען בפנייה זו, כי חוסר הגינות בקשת מח"ש נגלית ביתר שאת לאור העובדה שבידיה של מח"ש נמצאים דו"חות נתיחה שבוצעו בגופות ארבעה מהרוגי אוקטובר עוד מאותה תקופה, ואף על פי כן לא פתחה מח"ש בחקירה בעניין נסיבות הריגתם.

עמדת עדאלה בעניין דו"ח ועדת השרים	מכתב עדאלה ליועמ"ש מיום 30.3.2004
פניית עדאלה למח"ש מיום 6.6.2004	לדו"ח המיוחד על אירועי אוקטובר 2000 באתר עדאלה